- En 536, Marseille passa sous la domination mérovingienne ; à la mort de Clovis, elle fut attribuée, avec la Provence, à Théodebert, puis, à la mort de ce dernier, fit partie du royaume de Clotaire. Lorsque les fils de Clotaire se partagèrent son héritage, la Provence fut divisée en province de Marseille et province d'Arles. La première revint à Sigebert qui désigna Hecca pour la gouverner ; la seconde fut attribuée à Gontran qui la plaça sous le commandement d'Amat.
- A la mort de Sigebert, Marseille revint à Childebert son fils, mais Gontran, oncle de ce dernier, tout en s'instituant son tuteur, s'attribua la moitié de la ville : la ville basse, Childebert, outré de ce procédé, rompit avec son oncle.
L'évêque de Marseille, Théodore, épousa la cause de Childebert et eut à soutenir une lutte des plus vives contre Dyname, gouverneur de la Provence pour le compte de Gontran. Chacun des deux personnages avait des partisans déterminés. Cette querelle amena des troubles sérieux dans Marseille. Dès le début, Dyname appelé à une entrevue qui devait avoir lieu hors des murs de la ville, à l'église de Saint-Etienne (aujourd'hui Notre-Dame du Mont) fut séparé de ses gardes et mis dans l'obligation de laisser pénétrer les soldats de Childebert dans la ville. Dyname se vengea bien par la suite : il fit emprisonner à plusieurs reprises Théodore. L'évêque subit en dernier lieu une assez longue détention, mais Childebert et Gontran s'étant réconciliés, il put reprendre la direction de son diocèse et tout rentra dans l'ordre.
Après Childebert, Marseille fit successivement partie des Etats de Thierry II son fils, de Clotaire II, fils de Chilperic, de Dagobert; ce dernier l'attribua en 633 à son fils Sigebert II, puis elle échut à Childéric II, fils de Clovis II et neveu de Sigebert II, qui l'eut en son pouvoir jusqu'en 656. Marseille, sous les successeurs de Childebert, était la résidence des gouverneurs de la province à laquelle elle donna son nom. Ces gouverneurs administrèrent avec les titres divers de Patrices, Préfets, Ducs ou Comtes, mais leurs fonctions furent les mêmes. Saint-Bonnet, l'un d'eux, défendit le premier la vente des esclaves qui était alors en usage dans la Provence.