François est né à Fontainebleau le 19 janvier 1544, il est le fils aîné d'Henri II et de Catherine de Médicis. Il est baptisé le 10 février de la même année à la chapelle des Trinitaires du château de Fontainebleau. Ses parrains sont, le pape Paul III, François 1er, la seigneurie de Venise et Marguerite d'Angoulême.
A la mort de son grand-père François 1er, le 31 mars 1547, il devient Dauphin de France.
C’est à l’âge de 14 ans qu’on lui fait épouser Marie Stuart, fille de Jacques V d’Ecosse et de Marie de Guise, ce qui lui conféra le titre de roi d'Écosse.
Après dix jours d'atroces souffrances, suite à son accident de tournoi, Henri II décède en juillet 1559. François II a quinze ans. II est alors proclamé roi de France. Il sera sacré à Reims le 18 septembre.
C’est le plus obscur de nos rois, le plus bref : Couronné à quinze ans, mort à seize, François II est de tous les rois de France depuis Louis XII le seul parfaitement obscur.
A cette époque mille factions ensanglantaient le pays, mille intrigues empoisonnaient la cour. Autour du « Petit Roi » comme on le surnomma dès son avènement s’ouvre une galerie de portraits si peuplée qu’on ressent une impression d’étouffement. Cerné de partout, on se demande d’où va venir le prochain coup. Dans cette atmosphère irrespirable se reconnaît l’air du temps. Si dur aux protestants. On trucide sans faiblir. On torture de manière inventive. Entre Henri II, qui a lancé le carnage, et Charles IX qui l’a conclu la nuit de la Saint-Barthélemy, Catherine de Médicis s’est entraînée.
Son règne fut marqué par les troubles religieux : les catholiques (avec à leur tête les Guise) et de l'autre côté les protestants (dirigés par Antoine de Bourbon, les Condé et les Coligny) réunirent des armées en vue d'une guerre ouverte. En mars 1560 fut organisée la conjuration d'Amboise par des chefs protestants avec à leur tête La Renaudie. Durant les jours qui suivent, il y aura de nombreuses exécutions dans cette ville, les corps attachés aux balcons du château (François II accompagné de Marie Stuart et sa cour venaient voir ces pendus), ou gisant dans les rues, rougies par le sang. L'air y serait devenu irrespirable.
Cependant, cherchant à poursuivre leur politique de conciliation, François II et Catherine de Médicis proposent alors pour la première fois de convoquer un colloque national réunissant réformés et romains : ils reconnaissent de fait le parti protestant.
En août 1560 François II convoque les états généraux pour le mois de décembre, mais il meurt le 5 décembre 1560 d’une otite qui dégénère en abcès.
Une rumeur dit que le médecin, huguenot, aurait mêlé du poison aux remèdes.
Dans l'agitation qui sévit à la Cour, François II n'aura pas de funérailles. C'est son frère Charles IX, alors âgé de dix ans, lui succède. C'est Catherine de Médicis qui assure la régence. Marie Stuart repart pour l'Écosse où un tragique destin l'attend.