Quand ayant franchi la ligne de démarcation, le 11 novembre 1942, l’armée allemande eut déferlé sur la France encore non occupée et l’eut placée sous son autorité, le littoral se trouva interdit.
Quelques semaines plus tard, la population dut évacuer toutes les habitations qui se trouvaient entre la route littorale et le rivage, du Pharo à Callelongue.
En 1944, les autorités allemandes ordonnèrent même aux autorités françaises de faire appliquer d’urgence un “plan général d’évacuation” portant sur une “zone maritime” englobant tous les quartiers compris entre « le Vallon de l’Oriol, le boulevard Périer, le Prado, la rue de Rome, le Cours Belsunce, la rue d’Aix, le boulevard de Paris, l’avenue d’Arenc, St-Louis, l’Estaque et la mer ». Il ne fut pas exécuté.

L’occupant détruisit en bordure directe du littoral tout ce qui se trouvait sur les champs de tir des armes lourdes qu’il commença d’installer tout le long de la côte, de l’Espagne à l’Italie.
A Marseille, l’organisation Todt et l’armée allemande renforcèrent les défenses existantes, construisirent des murs et des défenses anti-débarquement, de puissants et énormes blockhaus, des emplacements de batteries, aussi bien le long du littoral que sur les îles. Certains de ces blockhaus et de leurs abris annexes (reliés parfois par passages souterrains) se remarquent encore sur la route des Goudes, il y en avait un immense au parc Borély (il fut démoli pour agrandir le champ de course), au Fort St-Jean. Une partie du “Mur de la Méditerranée” borde toujours la route, à gauche, entre Bonneveine et la Pointe-Rouge. Et l’aménagement le plus spectaculaire, la base sous-marine du cap Janet, a été intégré au port et aménagé en hangar. Les murs intérieurs en étaient ornés de peintures naïves et de graffitis de marins et soldats... Le chantier en avait été bombardé le 2 décembre 1943 et il y avait eu une centaine de morts et de blessés parmi les “constructeurs” civils et militaires.

A la Libération, toutes les batteries allemandes de la ville et des environs participèrent à la Bataille de Marseille qui se poursuivit pendant une semaine. On voyait partir des îles les coups des pièces de très gros calibres qui tiraient sur les troupes de de Montsabert avancées dans la vallée de l’Huveaune, près d’Aubagne. D’autres, plus légères, postées au Fort St-Nicolas arrosaient de shrapnells tout le centre, incendiant l’immeuble de la Mixte et une partie du Palais de la Bourse, transformant la Canebière en champ de verres brisés, de fils arrachés, de mille débris, ajoutant ainsi aux considérables destructions déjà subies le 27 mai précédent.
Le 25 août au matin, de la Corniche, tandis que tonnaient les canons du cuirassé NEVADA, on aperçut dix huit avions américains bombarder le Frioul, comme la veille des avions anglais avaient pris pour cible le Fort-St-Nicolas.