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 L'histoire commence avec "la garde Romaine" qui surveillait la mer.

En 1214 Guillaume d'Aligno abbé de Saint Victor, autorise un certain maître Pierre, un prêtre des Accoules, à construire une chapelle sur la colline de la Garde, propriété de son abbaye, comme en témoigne le petit cartulaire de Saint-Victor. A cette époque Marseille, qui compte 65 000 habitants, vient de s'affranchir du joug des vicomtes de Provence. Elle est libre et indépendante. Sous le règne de la liberté et de légalité, les citoyens de la commune de Marseille ne connaissent d'autres distinctions que celles que confèrent les vertus et le talent.

En 1218 la chapelle de Notre-Dame de la Garde est construite. On ne sait rien de cet édifice dont on suppose que les dimensions étaient restreintes à celle d'un simple oratoire. Les deux oratoires, visibles aujourd'hui, ont été bâtis en 1391, détruits sous la Révolution, ils ont été rebâtis en 1923 et restaurés depuis.
En 1423, le 23 novembre, après un siège, Marseille est mise à sac par les soldats du Roi d'Aragon et la petite chapelle de N.D de la Garde détruite.
Sous le règne du "Bon Roi René", en 1447, René d'Anjou redonne à Marseille sa grandeur, et la chapelle de N.-D. de la Garde fut reconstruite. Cet édifice plus important que le petit oratoire fut achevé en 1477.

En 1525 François ler décide la construction du Fort N.-D. de la Garde, construction qui amena la profonde transformation en un troisième bâtiment aux proportions plus amples, qui fut consacré en 1544 et devait subsister jusqu'à l'édification de l'actuelle basilique. C'était le commencement de la présence militaire sur la colline de N.-D. de la Garde. Quand on regarde le haut de la colline, c'est le fort qui attire l'attention. De la chapelle, seul le petit clocher apparaît au-dessus des murailles. La chapelle est ouverte au public et on y accède par un pont-levis. Ce sanctuaire devint l'un des plus importants prieurés Marseillais de l'Abbaye de St-Victor. Ainsi d'année en année les Marseillais voueront, à la Vierge de Notre-Dame de la Garde, une dévotion toute particulière. De grandes processions sont célébrées sur la colline et de nombreuses messes dites tous les jours.