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Les débuts du 20ème siècle voient le reboisement de la colline, car N.-D. de la Garde est entourée de carrière, qu'il a fallu ouvrir lors du développement des quartiers qui sont autour. Carrière du Bd Notre-Dame, carrière du Bd Tellene, carrière de la rue Point à Pitre, qui permettra la liaison, par la future voie dite du "Bois Sacré", du quartier Vauban et du Roucas Blanc. Ces carrières seront abandonnées au fur et à mesure.

Des fêtes très solennelles furent organisées en juin 1931 à l'occasion du couronnement de la statue de N.-D. de la garde, elles attirèrent des foules considérables.

En 1941 l'Etat a cédé le haut de la colline au diocèse de Marseille, c'était la fin d'une présence militaire qui avait duré 416 ans.

En 1942, le 12 novembre à midi, les troupes allemandes occupent Marseille.
Entre 1942 et 1944 les Allemands ont repris cette présence militaire et ils ont occupé les anciennes casernes.

En 1943, les 22 et 23 janvier, rafle monstre dans Marseille, avec la participation de 12 000 policiers, gendarmes, gardes mobiles et G.M.R et de 5 000 militaires allemands, soit 17 000 hommes. 40 000 vérifications, 6 000 arrestations, et la "fermeture définitive" de prés de 1 000 bars et cafés.
Le lendemain, dimanche 24 janvier, à 6 heures du matin, le quartier Nord du Vieux-Port, dit "les vieux quartiers", est cerné par la police et l’armée allemande. 25 000 personnes, hommes, femmes, enfants, vieillards, sont ainsi évacuées par tramways et camion jusqu'à la gare d'Arenc, 1 642 d'entre eux livré à la Gestapo. Des Marseillais d'origine ou d'aventure ont payé de leur vie la démolition des "vieux quartiers".

Dans les semaines suivantes, au mois de février, le quartier sera systématiquement démoli par les dynamiteurs de l’armée d'occupations.
Ainsi 25 000 personnes ont perdu leur maison et les pauvres trésors qu'elles y tenaient serrés... Une opération que l'historien Pierre Guiral qualifiera de "plus sauvage que la mise à sac de Marseille par les troupes du Roi d'Aragon".

Mais Marseille n’a pas fini de souffrir. En prélude aux débarquements, le 27 mai 1944, veille de la Pentecôte à 9h56, le hurlement des sirènes annonce une alerte sur Marseille.
Soudaine, à lOh5O, débouchant dans le ciel à 4 000 - 5 000 mètres d’altitude, sept vagues de bombardiers américains déversent sur la ville, en moins de dix minutes, plus de 800 bombes de 250 à 500 kilos qui causèrent de profonds dégâts dans le centre de la ville, de la rue de Rome à la Belle-de-Mai. On dénombrera 1 752 morts, 2 761 blessés, et plus de 20 000 sinistrés ; sans compter plus de 50 morts et plusieurs centaines de blessés parmi les soldats de l’armée allemande.

Le 15 août 1944, débarquement allié sur la côte provençale.
Le 21 août, l'occupant fait sauter toutes les installations portuaires de Marseille. 200 navires coulés, le pont transbordeur détruit.
Le 23 au matin, les troupes françaises, commandées par le général de Montsabert, entrent dans Marseille.
Le 25, c'est la prise de N.-D. de la Garde.
Le 28 aoûte à 09h00 le général de Montsabert monte à Notre-Dame de la Garde, à cette occasion il dira : " La prise de la basilique a sonné la capitulation allemande dans la ville. Je remercie Notre-Dame de la Garde d'avoir permis à la 3e division Algérienne de venir délivrer la ville de Marseille et ouvrir ainsi la porte de la France renaissante".
Le 29 août, tandis que le bourdon de N.-D. de la Garde et toutes les cloches de la ville sonnent à toute volée, les troupes défilent sur le quai des Belges. Marseille est libérée!
Le mercredi 30 août, une messe d'action de grâce célébrée par le père py aumônier militaire, en présence de Monseigneur Delay évêque de Marseille et du général de Montsabert, entourés de nombreux officiers et soldats. Les Tirailleurs algériens ont amené leur mascotte, un superbe mouton noir tout enrubanné. Monseigneur Delay dira dans son allocution : " Il convenait qu'après cette dure bataille, les premiers pèlerins qui se réunissent dans ce temple soit des soldats". Dés le lendemain le général fait don à la basilique de son fanion de voiture, un fanion aux couleurs algériennes, ayant fait les campagnes de Tunisie et d'Italie et portant en maints endroits des impactes de balles.


Dans les années 50, on construira une nouvelle sacristie, l’esplanade inférieure et les parkings, le bâtiment qui abrite la salle des expositions, la cafétéria et le magasin des souvenirs.
Ces nouveaux bâtiments masquent partiellement les murs du fort de François ler dont la plus grande partie a été heureusement conservée.